El Instituto perdió un 30 % del presupuesto durante los años de crisis económica, que agravó los problemas de liquidez de la Generalitat. Las cuentas de administración autonómica de 2019 contemplan un incremento del 14,37 % en el Presupuesto de la Generalitat para la Conselleria de Agricultura y Medio Ambiente, que alcanzará los 404,3 millones de euros. Sea como fuere, el gasto destinado exclusivamente a agricultura por el departamento de Elena Cebrián sube un 11,1 % (sólo 28 millones de euros) y representa poco más de la mitad de las partida de toda esta administración autonómica, mientras que la parte de medio ambiente crece un 22,32 %, el doble que el agrario. Además, en el caso del IVIA, en el año de su 150º aniversario, pierde un 4,5 % de ingresos pese a la mayor dinero destinado a personal.
El instituto referente en la investigación del sector citrícola -con una plantilla fija de unos 240 trabajadores- pasó de un presupuesto de 22,6 millones durante 2008 a unos16,1 millones en años sucesivos, lo que supone una disminución del 30 % respecto al inicio de la crisis. En 2008 frenó en seco la oferta pública de empleo.