Reunificado, por decirlo de alguna manera, el fútbol y la vida después de la Guerra Civil, el Hércules hubo de reinventarse. Sin su entrenador estrella, Suárez de Begoña, recordado con una placa en Bardín y olvidado para siempre en el resto de historia, el club blanquiazul depositó su confianza de manera interina a Luis Surroca, que había llegado al club como jugador en 1931 y que con el paso del tiempo había perdido presencia en las alineaciones. Surroca dirigió al Hércules en el Campeonato Regional que comenzó en septiembre de 1939 y del que se proclamó campeón. Mientras, el club trataba de recuperar a varios de sus futbolistas, desperdigados por todo el país ya que el estallido de la contienda les cogió de vacaciones. Algunos, como ya es sabido, no volverían más.
El primer frente de categoría comenzaba en diciembre, el reestreno de la Primera División, donde el Hércules había dejado tan buen sabor de boca antes del cataclismo. El elegido para el banquillo fue Patxi Gamborena, que como jugador había sido toda una institución en el Real Unión de Irún de los años veinte. Antes incluso de que se iniciara la Liga (en 1929), Gamborena ya había sido 20 veces internacional con la Selección. Como técnico pertenecería a varios clubes, sin demasiado éxito (Zaragoza, Xerez, Oviedo…), pero con el Hércules dejaría una marca para la historia: ser líder de Primera durante tres jornadas distintas, algo inédito hasta entonces y que no se ha vuelto a repetir. Después trabajaría en la aduana de Irún hasta su muerte.
Tras él llegó José Quirante, un hombre de Cox que con el tiempo se ha sabido que fue el primer jugador tránsfuga entre Barça y Real Madrid. Con el club culé recién creado, Quirante, afincado en la Ciudad Condal, comenzó a jugar de blaugrana en el Campeonato de Catalunya en 1903 y estuvo hasta 1909. Sin embargo, por cuestiones de trabajo se tuvo que marchar unos meses a la capital, donde jugó para el Real Madrid (entonces Madrid Foot-Ball Club) y ganó la Copa del Rey, siendo titular en la final. Como entrenador fue el primer técnico de los blancos en la Liga, una competición que ganó, por cierto, el Barça.
Para la 40-41 el club decidió firmar como entrenador a Manuel Olivares, Pichichi en Primera en la 32-33 con el Madrid y que había ascendido al Zaragoza a Primera antes de la Guerra como jugador-entrenador (marcó 20 goles). Aún con edad de jugar, 31 años, Olivares dirigió toda la temporada al Hércules, aunque sólo se autoalineó en siete ocasiones. Una de ellas, contra el Espanyol, fue capital porque marcó dos goles y certificó la permanencia del equipo un año más en la élite.
Teodoro Mauri fue el siguiente. En su época había sido el hombre-gol del Espanyol de Ricardo Zamora y a Alicante llegaba con el orgullo de haber subido al Castellón a Primera. Su estreno en el Hércules no pudo ser más legendario: los alicantinos se pusieron 0-4 en Les Corts, pero un chaparrón antológico permitió la igualada del Barça. Al término de esa temporada, en la que el Hércules se llamó Alicante CD (y el Alicante, Lucentum CF), descendió de nuevo a Segunda.
