Otro de los ataques directos al trasvase de agua al Segura y que se ha mantenido en el tiempo se produjo en 2013, cuando la Confederación Hidrográfica del Tajo elevó un 40% el caudal ecológico del río a su paso por Aranjuez (de los seis metros cúbicos a 10 m3/segundo) lo que representó un golpe casi letal para el futuro del trasvase Tajo-Segura. El problema se creó porque el caudal del Tajo en Aranjuez depende directamente de las reservas de agua del complejo de embalses Entrepeñas/Buendía (puerta del trasvase a Alicante) con lo que el recorte aprobado en noviembre 2012 afectó directamente al caudal disponible para enviar al Segura. Una merma de recursos en torno a los 200 hm3 que pasa ahora su factura, cuando la sequía azota con fuerza la cabecera del río.