La 02-03 continuó con Miñambres en el banquillo, tras el buen esprint final de la anterior temporada, pese a no conseguir el ascenso. Sin embargo, este curso sería bien diferente y a mitad de marzo el equipo deambulaba octavo y a cinco puntos de unos puestos de promoción que ocupaba, para más inri, el Alicante. El Hércules sólo había estado tres semanas en ellos en 28 jornadas y, tras una derrota en casa con el Mallorca B, el proyecto saltó por los aires. «Licencia para matar» (sic), dijo Enrique Ortiz en petit comité, en clara alusión que Miñambres debía ser historia del Hércules. La comisión técnica, formada entonces por Rodríguez, Benito Sánchez y Paquito, optó por darle el banquillo a Josip Visnjic, que entonces dirigía al filial blanquiazul. El yugoslavo, caballeroso siempre, afirmó en su presentación que coincidía «al 95%» con el fútbol de su antecesor. Miñambres, en su despedida y preguntado por si el cese había sido por su falta de carácter, expresó: «Entonces que en vez de a Visnjic fichen a un domador». El leonés siguió luego su carrera en los banquillos y después como director deportivo. El Hércules no remontaría el vuelo aquel curso y terminaría undécimo.
En julio, volantazo en la dirección deportiva: Ortiz contrataba a Javier Subirats, que había ejercido tal cargo en el Valencia. Fue una incorporación de renombre y el club ascendería al segundo intento. Para ese primer curso de la era Subirats, se eligió al también valenciano José Carlos Granero y con ese tándem se abrieron las puertas a las cesiones por parte del Valencia (fueron muchas; algunas de ellas, claves para el ascenso como la de Sisi o Carlos Pérez). La 03-04 fue dura y el Hércules se fue a Navidad empatado a puntos con la zona de promoción de descenso a Tercera. «Soy un luchador, un ganador y sé que puedo sacar esto adelante», expresó el técnico a finales de diciembre, justo cuando el consejo sopesaba destituirlo. De hecho, apareció el nombre de Bordalás como futurible recambio. Sin embargo, se impuso la palabra de Subirats, que siguió confiando en Granero pese a todo. «Hay que dar seriedad al proyecto», argumentó el director deportivo. El Hércules acabó noveno, a 12 puntos de la promoción.
Para la 04-05 siguió Granero, pero a las 12 jornadas fue despedido. El técnico reconoció que le había pesado a nivel de afición y de club la desastrosa primera vuelta de la pasada temporada. «Sentía que no tenía crédito». Subirats cogió el equipo durante las siguientes tres jornadas pero el experimento no funcionó y aterrizó en el club Juan Carlos Mandía, al que Alicante le rebautizó como Mandiá. El técnico gallego, de 37 años y que había entrenado al Logroñés, fue una apuesta de Valentín Botella, flamante nuevo presidente de la entidad. Contra pronóstico, el equipo se rehízo y consiguió ascender a final de temporada. El técnico era uno de los grandes ganadores de aquel curso y se ganó la continuidad en Segunda. Sin embargo, la 05-06 se comenzó a enturbiar. El seno del club, dividido por la irrupción de los Roig; el equipo, encadenando varios resultados peligrosos y al filo de los puestos de descenso a la categoría innombrable. En febrero llegó la puntilla y el Hércules optó por un viejo anhelo, Pepe Bordalás, que en ese momento era entrenador del Alicante. Mandía se marchó, pero volvería años más tarde y Bordalás asumía el reto: «Quiero un Hércules atrevido».
El técnico dejaba el Alicante gracias a la gestión de Antonio Solana, al que la directiva herculana agradeció el gesto. El banquillo del club celeste, por cierto, lo asumiría Miñambres. Bordalás conseguiría la permanencia del Hércules a falta de una jornada y se abriría un nuevo debate: el del vestuario.
El clima había sido terrible, con enfrentamientos entre jugadores y Ortiz sabía que o hacía cambio o eso tendría la peor de las soluciones. El propio técnico fue claro: «He tragado mucha quina por el bien del club, nunca había visto un vestuario así».
El club, que primero titubeó con su renovación, optó por darle carrete para la temporada siguiente, principalmente por el apoyo de Ortiz. Comenzaba el año II de Bordalás en el Hércules.
